El primer documento que nos habla de la existencia de un monasterio es un privilegio de García I, rey de León, otorgado el 15 de febrero de 911.

Pero el origen remoto se sitúa muy verosímilmente en la época tardo romana, en relación con Villa Posídica, villa romana cuyas ruinas se encuentran a unos doscientos metros del monasterio, en la que se han hallado preciosos mosaicos y que parece perteneció a la familia del emperador Teodosio.

La tesis más audaz sitúa aquí la casa y la comunidad de mujeres religiosas a las que se dirige la peregrina Egeria o Euqueria en su célebre Itinerarium.

En cualquier caso, fue en su entorno -en el antiguamente llamado castrum domnas- donde se formó la comunidad de monjas que dio lugar al topónimo del monasterio -San Isidoro de (las) Dueñas-, de donde tomó luego su nombre el pueblo de Dueñas.

Casi seguro que a las domnas se debe la llegada de las reliquias del patrón del monasterio, San Isidoro, mártir alejandrino -llamado también de Quío-, que murió en el año 251 durante la persecución del emperador Decio. Otros sitúan la llegada de las reliquias en la época cluniacense.