En 1604 un devastador incendio arruinó el monasterio del que sólo se salvó, aunque muy dañada, la iglesia románica que todavía hoy podemos contemplar pero sin su belleza primitiva.

La nueva y actual fábrica se levantó en estilo herreriano. Con la invasión en 1808, el monasterio fue convertido en cuartel de las tropas napoleónicas, causando la expulsión de sus monjes y dejándolo totalmente arruinado en su interior.

Todavía volvió a sufrir nuevos desastres entre 1820 y 1823 en la segunda expulsión de la comunidad. Finalmente el monasterio fue abandonado por la desamortización de Mendizábal en 1835, convirtiéndose en una casa de labranza durante 56 largos años.